È l’organo di indirizzo della Fondazione ed è composta da ventotto commissari: quattordici sono espressione delle comunità del territorio, gli altri quattordici sono personalità che, offrendo le proprie competenze ed esperienze, contribuiscono al perseguimento di fini istituzionali. Il mandato della Commissione Centrale di Beneficenza (CCB) ha una durata di quattro anni.
La nuova CCB, nominata nella seduta del 14 Maggio 2019, è così composta:
Laura Bajardelli, Giuseppe Banfi, Gianpietro Benigni, Paola Brambilla, Renato Cerioli, Paolo Colonna, Franca Corti, Cesare Emanuel, Elisa Fagnani, Giovanni Fosti (Presidente), Giovanni Iudica, Sarah Maestri, Mauro Magatti, Alberto Mantovani, Susanna Mantovani*, Andrea Mascetti, Rodolfo Masto, Carlo Mario Mozzanica, Valeria Negrini (Vicepresidente), Mauro Nicola, Pietro Previtali, Marco Rasconi, Enrico Rossi, Claudia Sorlini (Vicepresidente), Monica Testori, Martino Troncatti, Mario Vanni, Franco Verdi, Francesca Zanetta.
*nominata nella seduta dell'1 ottobre 2020